Bestyrelsen er det øverste beslutningstagende organ i DIPD. Ud af de 15 medlemmer er 9 udpeget af de danske partier, 2 er udpeget af Dansk Ungdoms Fællesråd (DUF) og endelig udpeger Ministeren for Udviklingssamarbejde, Rektorkollegiet, NGO FORUM og Institut for Menneskerettigheder ét medlem hver. Blandt medlemmerne, vælger bestyrelsen en formand. Bestyrelsesmedlemmerne er udpeget for en fireårig periode med mulighed for genvalg.